Vạn Nguyên là huyện cấp thị ở miền núi, là điển hình của kiểu thành phố nông nghiệp miền núi, kinh tế chủ yếu là nông nghiệp, với công nghiệp kém phát triển. Năm 2004, tổng sản phẩm nội thị đạt 2,524 tỷ nhân dân tệ, bình quân đầu người đạt khoảng 4.520 NDT, thu ngân sách địa phương đạt 40,44 triệu NDT.